王先谦虽然反对民权学说和政治改革 ， 但他并不反对教育改革 。戊戌政变后 ， 他又对恢复八股取士制度 ， 并继续主张开设学堂 。1901年 ， 他致函湖南巡抚俞廉三 ， 论述了为振兴工业而创办工艺学堂的重要性 ， 并呈上他所拟定的《工艺学堂章程》共12条 ， 提出了与生产劳动相结合的职业教育构想 ， 对湖南近代职业技术教育事业的兴起产生了一定的影响 。1903年 ， 他又参与创办湖南最早的师範学校——湖南师範馆 ， 併兼任第一任馆长 。该馆开设了伦理、经学、算学、中外史学、中外舆地、文学、理化学、英文、图画、体操等10多门课程 。当时没有统一的教科书 ， 王先谦建议 ， 请在外国留学的中国留学生将白天听课的笔记在晚上整理并翻译成中文寄回来 ， 由政府印发学校充作教材 ， 或刊登在地方性报纸杂誌上 。留学生的翻译报酬由省财政专项开支 。这一建议被抚院所採纳 ， 为解决教材问题起了一定作用 。
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王先谦任山长的“岳麓书院”王先谦主讲岳麓书院一直到1903年 。这时 ， 资产阶级民主革命蓬勃兴起 。王先谦以“人心不靖” ， “邪说朋兴 ， 排满革命之谈充塞庠序”而不复至馆 。同年 ， 岳麓书院改为湖南高等学堂 。岳麓书院改为学堂后 ， 王先谦居家着述 。但他仍关注教育 。在此前 ， 他就认为中国的国小教育不发达 。他曾指出日本的初小是“尽人必入” ， 而中国由于国小不发达 ， 很多人未经国小就直接考入中学和高等学堂 ， 造成中学和高等学堂“程度之低昂无别” 。针对这种情况 ， 他主张大力发展国小教育 ， 尤其是贫民国小 。光绪末年 ， 他写信给湖南学使吴自修 ， 并向巡抚上《拟设简易国小呈稿》 ， 认为各省官立和民立学堂很多 ， 但贫民国小却没有考虑 ， 这是“务其大而遗其小 ， 似未尽国民要义也” 。因此 ， 他主张大办贫民国小 ， 使所有适龄儿童都能方便入学 ， “照章五年毕业 ， 即已知书习算 ， 文义粗通” 。他还身体力行 ， 将自己多年担任省学务公所议长和省自治筹办处会办的马夫银共12250两全部捐给省学务公所 ， 在长沙兴办简易国小堂18所 ， 为长沙初等教育的发展作出了很大贡献 。
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王先谦着述在其教育生涯中 ， 王先谦将教学与学术研究紧密结合起来 ， 取得了巨大的学术成就 。被人称为“清末全面研治经史子集的一代宗师” 。同时 ， 他还注意了解国外情况 ， 被人称为“通过博览群书走向世界的极为罕见的朴学大师” 。他不仅是岳麓书院最后一任山长 ， 同时 ， 他还以他丰富的研究成果为岳麓书院留下了一座巨大的学术丰碑 。人物评价“长沙阁老 ， 季清巨儒 ， 着书满家 ， 门庭广大” ， 这是长沙近代着名学者和教育家李肖聃先生对王先谦的评价 。王先谦能在学术上取得这幺大的成就并不是偶然的 。他自幼苦读 ， 锲而不捨 ， 数十年来废寝忘食 ， 孜孜于典籍之中 ， 而且具有博採众长 ， 严谨平实的作风 。王先谦治学侧重古文经学 ， 但不拘泥门户 ， 兼采今文学源的观点 ， 认为今古文经之争 ， “展转纷纭 ， 徒形词费” 。他辑印的《南着书院丛书》就被人称作“无乾嘉诸子标汉宋之帜 ， 分门别户致辨之习气” 。而《续皇清经解》、《尚书孔传参正》就又包含了许多今文经学的观点和材料 。