王先谦注重于考据学 ， 但并不是把学生局限在故纸堆里 ， 而是提倡学以致用 。他本人非常忧时忧国 ， 也勉励学生以救国为己任 。甲午战争后 ， 他在发给生徒的手谕中列举了中国面临的民族危机 ， 指出：“为士子者 ， 若不争自振奋 ， 多读有用之书 ， 相与讲明切磋 ， 储为国器 ， 出则疏庸贻笑 ， 无以劢相国家；处则迂腐不堪 ， 无以教子弟” 。他认为：“士子读书 ， 期于致用 。近日文人 ， 往往拘牵帖括 ， 罕能留意时务” 。他认为上海《时务报》 “为目前不可不看之书” ， 为了使学生“开广见闻” ， 启发志意” ， 他特意让书院订购了六份《时务报》 ， “每二斋共阅一份” ， “随时派人分送” ， 让学生“或翻阅抄誊 ， 或略观大意” 。由此可见他启发学生“期于致用” ， “留意时务”的苦心 。
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王先谦任山长的“岳麓书院”为了学以致用 ， 王先谦主张对书院课程进行改革 。他认为：“中国风气未开 ， 才能未显 ， 故外人声光化电之学 ， 皆宜加意讲求 。”因此 ， 他主张书院课程“自群经、国文外 ， 历史、舆地、算学、图画 ， 中西共者也；各国语言文字 ， 函宜通者也” 。在时务学堂的带动下 ， 王先谦在岳麓书院也进行了一些课程改革 。当时湖南着名维新派人士皮锡瑞在1897年九月的日记中记载：“岳麓师课已改 ， 不用时文 ， 课经史兼算学 。”十一月的日记中又记载：“岳麓书院改章后 ， 别造房屋二间 ， 仿西学式教算学、方言 。”《湘报》41号也报导 ， 岳麓书院“以经义、治事分门 ， 提倡新学” ， “添设算学、译学” 。这些都为古老的千年书院注入了新鲜空气 ， 也为以后书院改为学堂奠定了基础 。反对新学
维新运动中 ， 面对新学思潮 ， 王先谦并不是一开始就是反对派 ， 甚而还是湖南新政的积极参与者之一 。他积极投资举办近代工矿企业 ， 也参与南学会的活动 。同时 ， 他还是时务学堂的创设人之一 。他与蒋德钩、熊希龄等首倡“添设时务学堂之议” ， 并亲自建议聘梁啓超来湘任中文总教习 。熊希龄被任命为时务学堂总理后 ， 王先谦还致函予以支持 ， 并表示 ， “先谦断无置身局外之想 。有须先谦到场者 ， 随时示知可也” 。
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王先谦书札然而 ， 王先谦毕竟是一个地主阶级知识分子 。当新学思潮危及到封建专制统治时 ， 他便毫不犹豫地站出来反对新学 。他认为时务学堂师生关于“民权”、“议院”的言论是“悖逆语” ， “其志在谋逆” 。于是他草拟《湘绅公呈》并附岳麓书院学生宾凤阳要求整顿学堂的上书呈递巡抚衙门 ， 对时务学堂师生进行攻击 ， 要求对时务学堂“严加整顿 ， 屏退主张异学之人” 。同时 ， 他又支持长沙三书院订立《湘省学约》 ， 阻挠学生参与维新运动 。当学政徐仁铸要追查对时务学堂进行造谣毁谤的人时 ， 王先谦又多方包庇开脱 ， 并以辞馆相要挟 。推行教育改革