沟纹剑龙（Stegosaurus sulcatus）：意思是“有皱纹的有屋顶蜥蜴”（"furrowed roof lizard"），是马许在1887年根据一具不完整的身体骨骼所作的命名 。传统上，这个名称被认为是装甲剑龙的异名 。现代多个研究提出它们是个独立种 。发现模式标本时，还发现一个尖刺，最初被认为是个尾刺，可能来自于肩膀处的肩刺 。
长刺剑龙（Stegosaurus longispinus）：意思是“拥有长尖刺的有屋顶蜥蜴”，是查尔斯·怀特尼·吉尔摩尔（Charles W. Gilmore）在1914年所叙述、命名 。化石发现于怀俄明州的莫里逊组，已知有一具不完整身体骨骼 。此外，犹他州的莫里逊组也发现可能的化石 。这个物种的特色在于4支较长的尖刺，有些人认为这个物种其实属于钉状龙属（Kentrosaurus） 。长刺剑龙的身长与狭脸剑龙相同，约为7米 。
在2008年，Susannah Maidment等人提出西龙、乌尔禾龙是剑龙的次异名，将它们改列为剑龙属的两个种：缪氏剑龙（S. mjosi）、S. homheni 。他们更提出狭脸剑龙、S. ungulatus其实都是装甲剑龙；而长刺剑龙则是个疑名 。如果这个分类法属实，剑龙属的有效种只剩下：模式种装甲剑龙、缪氏剑龙、S. homheni，而生存範围将从侏罗纪晚期的北美洲，扩张到白垩纪早期的东亚 。这个分类法仍有待其他学者接受、评估中 。以彼得·加尔东（Peter Galton）为例，他认为剑龙、乌尔禾龙有足够的差异，两者应为不同属 。可疑的物种卡内基自然史博物馆Diracodon laticeps的尾刺Stegosaurus ungulatus：意思是“有蹄的有屋顶蜥蜴”（"hoofed roof lizard"），是马许在1879年所作的命名 。化石出土于怀俄明州的科摩崖（Como Bluff），包括了少许的脊椎骨与骨板 。这些化石可能是属于装甲剑龙的幼年个体，虽然装甲剑龙的原始化石已经被完整的描述、研究过 。在葡萄牙发现的一些标本，其地质时代为上启莫里阶至下提通阶，也已经归类到这个物种当中 。
Stegosaurus duplex：意思是“双神经丛的有屋顶蜥蜴”（"two plexus roof lizard"），拥有较大的荐骨神经通道，马许称其为“后脑盒” 。这种恐龙可能也可能是装甲剑龙的异名 。虽然是马许所命名，不过这些分散的骨头实际上是爱德华·爱胥黎（Edward Ashley）在1979年于科摩崖所发现、收集 。
丝莱氏剑龙（Stegosaurus seeleyanus）：原来的名称是Hypsirophus seeleyanus，可能也是属于装甲剑龙 。
宽头剑龙（Stegosaurus laticeps）：是马许在1881年根据一些颌部骨头碎片而描述，最初为Diracodon laticeps 。有些人认为狭脸剑龙是Diracodon属的一个种；其他人则认为Diracodon事实上是剑龙属的一种 。在1986年，罗伯特·巴克再度使用D. laticeps这个名称；但是其他人认为尚不能下定论，而且这个物种更可能是狭脸剑龙的异名 。
Stegosaurus affinis：为马许在1881年根据一块耻骨而描述，是一个疑名 。有可能是装甲剑龙的异名 。
文章插图
S. ungulatus的骨架模型新分类物种马达加斯加剑龙（Stegosaurus madagascariensis）：在1926年，皮韦托（J. Piveteau）根据一些发现于马达加斯加的牙齿而命名 。这些牙齿分别被归类为许多不同的物种，包括了剑龙、玛宗格龙（Majungatholus；属于兽脚亚目）、鸭嘴龙类、甚至是鳄鱼 。
马氏剑龙（Stegosaurus marshi）：这个物种原来是卢卡斯（Frbdekic A. Lucas）在1901年所描述 。后来在1902年被重命名为装甲龙属（Hoplitosaurus） 。
Stegosaurus priscus