rr20世纪60年代末，年轻的美国科学家卡尔·乌斯（Carl Woese）开始了一项古怪但非常精专的小研究：他收集了不同种的细菌，分析了一种存在于所有收集到的细菌中的核糖体分子——16S rRNA 。所有科学家都觉得这项工作没有任何价值，也就没人与乌斯竞争 。他之后回忆道：“这是一场只有一匹马的赛马比赛 。”31这场比赛昂贵、缓慢又危险，其中涉及的放射性液体多到令人心惊 。但是，该研究起到了革命性的推动作用 。
rr当时的生物学家完全依靠体表特征来推断物种间的关系：比如体型大小、身材形状，以及细微的解剖特征差异 。乌斯认为，他完全可以做得更好 。他的方法就是检测所有生物都携带的生命分子：DNA、RNA 和蛋白质 。这些分子会随着时间的流逝而逐渐分化，亲缘关系越近的相似度就越高 。乌斯相信，如果能找到那个对的分子，再比较足够多物种的亲缘关系远近，生命之树的演化枝干就将清晰显现 。32
rr他确定以16S rRNA 核糖体（由同名基因指导合成）为研究对象 。这种核糖体参与了所有有机体中基础蛋白质的制造过程，所以，它正是乌斯渴望寻找到的、适用于广泛比较多样物种的基本单元 。截至1976年，他已经为大约30多种微生物的16S rRNA 建立起档案 。同年6月，他开始研究某一物种 。之后，这一物种不仅改变了他的生活，还改变了人们已经熟知的生物学 。
rr这种不起眼的微生物由拉尔夫·沃尔夫（Ralph Wolfe）提供，他是产甲烷菌（methanogens）方面的权威专家 。这些小东西可以仅靠二氧化碳和氢气生存，并将其转化成甲烷 。它们生活在沼泽、海洋和人类的肠道中，首次发现于灼热的下水道污泥中，被命名为嗜热自养甲烷杆菌（Methanobacterium thermoautotrophicum） 。与其他人一样，乌斯一开始也认为，虽然这种小东西有奇怪的癖好，但终究只是另一种细菌 。但是，分析了它的16S rRNA 后，他意识到这绝对不是细菌 。对该发现的解释可能要依据当时的具体情况而定，比如他是否充分理解了自己观察到的现象，当时的他是精力旺盛还是小心谨慎，他是否要求重复这次实验等 。但到了12月，他的团队测序了更多产甲烷菌基因，结果都呈现出相同的模式 。至此，结论已经显而易见 。沃尔夫还记得乌斯是这么告诉他的：“这些东西甚至都不是细菌 。”
rr乌斯于1977年发表了他的研究结果，他在论文中把产甲烷菌重新归至古菌之下（当时古菌还被称为 archaebacteria，后来去掉了当中的“细菌”部分，直接记作 archaea） 。33乌斯坚信，它们并不是怪异的细菌，而是另一种完全不同的生命形式 。这是一项惊人的发现 。乌斯从淤泥中挑选出这些不起眼的微生物，并把它们视为与无所不在的细菌和强大的真核生物同等重要的存在 。这就如同每个人都盯着世界地图看，以为这就是世界的全部，只有乌斯悄悄展开了折叠着的另外1/3的地图 。
rr不难预料，他的说法招致了猛烈的批评，甚至连一些同样志在打破传统的叛逆者，都觉得他走得太远了 。后来，《科学》评价他“为微生物学的研究发展烙下了一道伤疤”，甚至到他2012年去世时，这道伤疤仍未消除 。34今日，他留下的知识遗产不可否认，他关于古菌完全不同于细菌的断言也非常正确 。而在他所有的研究中，更重要的也许是他倡导的“通过比较基因来研究物种间关系”的方法——这成了现代生物学研究中最重要的部分 。35他的方法为其他科学家，比如他的老朋友诺曼·佩斯（Norman Pace）的研究铺平了道路，生物学家得以真正迈出探索微生物世界的脚步 。
rr20世纪80年代，佩斯开始研究生存在极热环境下的古菌，主要检测它们的 rRNA 。他对黄石国家公园的章鱼泉（Octopus Spring）特别感兴趣：在这口深蓝色的大汽锅里，水温高达91℃，里面翻滚着众多人类还未识别的喜热微生物 。这些微生物大量积聚，在泉水中形成人们肉眼可见的粉红色游丝 。佩斯还记得，他读到关于章鱼泉的描述后，兴奋不已地冲进实验室大喊：“嘿，伙计们，瞧瞧这个！好几千克的微生物！赶紧拿桶去捞啊 。”组里的另一个人说：“喂，你连它们是什么都不知道啊 。”

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