rr与此同时，一场炭疽病席卷了德国当地的某处农场，感染了不少动物 。一位名叫罗伯特·科赫（Robert Koch）的医师正致力于解决这个问题 。其他的科学家已经在感染者的身体组织内发现了一种名为炭疽杆菌的细菌 。1876年，科赫把这种细菌注入小鼠体内，结果小鼠死了 。接着他又从小鼠尸体中提取细菌，再注入另一只小鼠体内——这只小鼠也死了 。他执着地在20多代小鼠的身上重复这个残酷的过程，每次结果都一样 。科赫的实验明确表明，炭疽病是由细菌引起的 。疾病的“细菌论”是正确的 。
rr这一次对微生物的重新发现影响很大，而且被立即等同于死亡的化身 。它们是细菌，是病原体，是会带来瘟疫的东西 。在科赫研究炭疽病后不到20年，他和其他许多人都陆续发现导致麻风病、淋病、伤寒、肺结核、霍乱、白喉、破伤风和鼠疫的细菌 。与列文虎克成功地发现微生物一样，新工具为新的研究指明了方向：更好的镜片，在凝胶状的琼脂上培养微生物，以及新的着色技术，都可以帮助人们更好地使用显微镜发现和识别细菌 。刚识别出细菌不久，人们就长驱直入，直奔消灭它们而去 。受巴斯德的启发，英国外科医生约瑟夫·利斯特（Joseph Lister）开始把灭菌技术应用到医疗实践中，强制诊所职员用化学试剂彻底清洁和消毒双手、仪器，以及手术室，保证无数患者不受肆虐的细菌感染 。另外也有人在探求阻挡细菌的手段，旨在更好地治疗疾病、改善卫生条件、保存食物 。细菌学成了一门应用科学，而研究微生物就是为了驱除或消灭它们 。
rr这一波微生物大发现的浪潮，恰好发生在达尔文1859年出版《物种起源》之后 。微生物学家勒内·杜博（René Dubos）写道：“这是一次历史的巧合，细菌理论刚好在盛行达尔文主义的伟大时代得到发展 。根据达尔文主义的解读，生物与生物之间的相互作用都是生存斗争，因此必须敌我分明，不允许存在模糊地带……之后所有试图控制微生物疾病的努力，一开始就被这种认识主导，并激发了人类对微生物的敌意，使前者对后者发起进攻，力图从患病个体与群体中彻底消灭微生物 。”9
rr这种认识持续至今 。随便走进一家图书馆，取下一本微生物教材扔出窗外，依然很容易吓到路人 。如果我把本书中与有益微生物有关的书页全部撕下来递给别人，在他们眼中，这依旧是一叠令人心生厌恶的纸张 。疾病与死亡的叙事，仍然主导着我们今日对微生物的看法 。
rr在这个领域中，一些细菌理论家一个接一个地识别出致命病菌，在聚光灯下大出风头；但还有一些生物学家在学术边缘地带辛勤工作，最终用另一种方式揭示了微生物的又一面真相 。
rr荷兰人马丁努斯·贝杰林克（Martinus Beijerinck）是第一位展现这些“次要部分”之重要性的生物学家 。他平日深居简出，性情粗暴，很不受他人待见 。他不爱和人打交道，只与少数几位同事关系较近；他对当时风头正劲的医学微生物学兴趣寥寥 。10他对疾病不感兴趣，更想研究在自然条件下生存的微生物：土壤、水环境、植物的根部 。1888年，他发现细菌可以固定空气中的氮，然后把它们转化成能为植物所用的氨；之后，他分离出一个菌种，该菌种有助于促进土壤和大气间的硫循环 。这项工作使微生物研究得以在贝杰林克所在的城市——代尔夫特重生 。两个世纪前，正是在同一座城市，列文虎克第一次亲眼确证了细菌的存在 。贝杰林克与其他几位科研界的知音，如俄罗斯的谢尔盖·维诺格拉茨基（Sergei Winogradsky）等一起创立了新的代尔夫特学派，并自称“微生物生态学家”（microbial ecologists） 。他们发现，虽然微生物会对人类构成威胁，但它们也是自然界的重要组成部分 。

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