Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程虚拟机安装 VMware _安装

主题简述
是研究生物大分子体系的动力学模拟软件，在国内外有着广泛的应用。目前只发布了基于Linux/Unix的安装程序包，本教程将介绍在虚拟机上安装正式版本2019.6 。
工具/原料方法/步骤
首先确保已安装好虚拟机和操作系统(如下图，无关键要的地方做了打码) 。
【Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程虚拟机安装 VMware】详细安装教程
检查和安装C/C++
$ gcc -v
$ sudo yum install gcc(这里sudo是获取临时root权限，需要管理员密码；另外用"su"命令进行root操作也可以)
检查cmake:
$ cmake -version
如果没有安装cmake或版本过低，需要到网上下载，yum资源库中的cmake版本一般较低:
下载安装包:
(用系统自带的下载工具下载)
$ tar zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz(解压安装包)$ cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64(进入目录)$ ./bootstrap$ make$ sudo make install
详细安装教程
安装
官网下载
下载安称耍装包:
(用辞泥系统自带的下载工具下载) (如下图)
$tar xfz gromacs-2019.6.tar.gz(解压安装包)$cd gromacs-2019.6(进入目录)$mkdir build(新建文件夹build)(如下图)$cd build(进入目录)$cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2019.6(要求安装过程中自动下载FFTW库文件，指定程序安装到目录/usr/local/gromacs-2019.6)$make(编译时间比较长)$make check $sudo make install(安装)

文章插图
安装好后，需要设置环境变量，以便bash调用:

$cd(回到个人目录，例如:/home/user/)$vi .bash_profile(用vi 编辑.bash_profile文件) (如下图)在.bash_profile文档的末行添加(如下图): source /usr/local/gromacs-2019.6/bin/GMXRC。添加完后按"Shift"+":"并输入"wq!"保存退出 。重新启动bash:$logout(注销并重新登录)

查看是否正确安装(如下图)
$ gmx - (可以看到刚才安装的版本)
查看动力学程序mdrun是否可用:
$ gmx mdrun -h
以上总结是由本人一整套从安装——安装Linux系统——系统——安装失败后的解决办法。
通过搜索“ 远程安装 Linux系统布朗动力学模拟分子动力学模拟分析”或者“虚拟机安装Pro任选版本 Win Linux ”找到一家可以通过安装虚拟机解决问题的小店。
下期会提供一份Linux虚拟机安装的教程。

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