初，崇祖遇太祖于淮阴，太祖以其武勇，善待之 。崇祖谓皇甫肃曰：“此真吾君也!吾今逢主矣，所谓千载一时 。”遂密布诚节 。元徽末，太祖忧虑，令崇祖受旨即以家口托皇甫肃，勒数百人将入虏界，更听后旨 。会苍梧废，太祖召崇祖领部曲还都，除游击将军 。沈攸之事平，以崇祖为持节、督兖青冀三州诸军事，累迁冠军将军、兖州刺史 。太祖践阼，谓崇祖曰：“我新有天下，夷虏不识运命，必当动其蚁众，以送刘昶为辞 。贼之所冲，必在寿春 。能制此寇，非卿莫可 。”徙为使持节、监豫司二州诸军事、豫州刺史，将军如故 。封望蔡县侯，七百户 。
建元二年，虏遣伪梁王郁豆眷及刘昶马步号二十万，寇寿春 。崇祖召文武议曰：“贼众我寡，当用奇以制之 。当修外城以待敌，城既广阔，非水不固，今欲堰肥水却淹为三面之险，诸君意如何?”众曰：“昔佛狸侵境，宋南平王士卒完盛，以郭大难守，退保内城 。今日之事，十倍于前 。古来相承，不筑肥堰，皆以地形不便，积水无用故也 。若必行之，恐非事宜 。”崇祖曰：“卿见其一，不识其二 。若舍外城，贼必据之，外修楼橹，内筑长围，四周无碍，表里受敌，此坐自为擒 。守郭筑堰，是吾不谏之策也 。”乃于城西北立堰塞肥水，堰北起小城，周为深堑，使数千人守之 。崇祖谓长史封延伯曰：“虏食而少虑，必悉力攻小城，图破此堰 。见堑狭城小，谓一往可克，当以蚁附攻之 。放水一激，急逾三峡，事穷奔透，自然沈溺 。此岂非小劳而大利邪?”虏众由西道集堰南，分军东路肉薄攻小城 。崇祖著白纱帽，肩舆上城，手自转式 。至日晡时，决小史埭 。水势奔下，虏攻城之众，漂坠堑中，人马溺死数千人，众皆退走 。初，崇祖在淮阴见上，便自比韩信、白起，咸不信，唯上独许之，崇祖再拜奉旨 。及破虏启至，上谓朝臣曰：“崇祖许为我制虏，果如其言 。其恒自拟韩、白，今真其人也 。”进为都督号平西将军，增封为千五百户 。崇祖闻陈显达李安民皆增给军仪，启上求鼓吹横吹 。上敕曰：“韩、白何可不与众异!”给鼓吹一部 。
崇祖虑虏复寇淮北，启徙下蔡戍于淮东 。其冬，虏果欲攻下蔡，既闻内徙，乃扬声平除故城 。众疑虏当于故城立戍，崇祖曰：“下蔡去镇咫尺，虏岂敢置戍;实欲除此故城 。政恐奔走杀之不尽耳 。”虏军果夷掘下蔡城，崇祖自率众渡淮与战，大破之，追奔数十里，杀获千计 。上遣使入关参虏消息还，敕崇祖曰：“卿视吾是守江东而已邪?所少者食，卿但努力营田，自然平殄残丑 。”敕崇祖修治芍陂田 。
世祖即位，征为散骑常侍、左卫将军 。俄诏留本任，加号安西 。仍迁五兵尚书，领骁骑将军 。初，豫章王有盛宠，世祖在东宫，崇祖不自附结 。及破虏，诏使还朝，与共密议 。世祖疑之，曲加礼待，酒后谓崇祖曰：“世间流言，我已豁诸怀抱，自今已后，富贵见付也 。”崇祖拜谢 。崇祖去后，上复遣荀伯玉口敕，以边事受旨夜发，不得辞东宫 。世祖以崇祖心诚不实，衔之 。太祖崩，虑崇祖为异，便令内转 。永明元年四月九日，诏曰：“垣崇祖凶诟险躁，少无行业 。昔因军国多虞，采其一夫之用 。大运光启，频烦升擢，溪壑靡厌，浸以弥广 。去岁在西，连谋境外，无君之心，已彰遐迩 。特加遵养，庶或悛革 。而猜贰滋甚，志兴乱阶，随与荀伯玉驱合不逞，窥窬非觊，构扇边荒，互为表里 。宁朔将军孙景育究悉奸计，具以启闻 。除恶务本，刑兹罔赦 。便可收掩，肃明宪辟 。”死时年四十四 。子惠隆，徙番禺卒 。
【南朝萧齐大将垣崇祖：南齐支柱因和太子私怨被杀】