英宗朱祁镇复辟，以“谋为不轨，迎立外藩”的罪名处死于谦 。同时遇难的还有王文、范广等人 。
谦等“死之日，阴霾四合，天下冤之” 。前往于谦府第抄家的官员惊奇的发现，堂堂兵部尚书家里除了书和日用生活器具以外，竟然没有任何值钱的东西 。唯有一座正屋被封闭甚固，启封视之，均是皇上所赐物件，封识记载分明，一丝未动，见者无不泪下 。后人评价于谦“有巍巍定难之功;有侃侃立朝之节;有孜孜及民之惠;有徼徼律贪之洁” 。确确实实实现了他自己《石灰吟》中所期许的话“要留清白在人间” 。
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