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容克Jumo 004B-1涡轮喷气发动机Ju-287的发动机布局非常的少见而又给飞行带来了极大的好处 。4-6台发动机分布保证了飞行速度，前机身的两台发动机工作减轻了机翼挂载喷气发动机时的压力，而前掠翼设计减轻了发动机喷口处高速气流对其他发动机的影响，这样做不仅提高了每台发动机的效率，更重要的使得飞机稳定性有了提高 。而实际上效果也极佳，Ju-287在5000米高度的最大速度达到864千米/小时，跟Me-262A-1a型不相上下，比P51-D高出了161千米/小时；爬升率也达到6000米/10分钟 。基本型号原型机阶段在Ju-287V1定型之前，设计小组提出了诸多的设计方案，这些方案不仅有前掠翼机后掠翼设计，甚至在发动机的布局方面也是五花八门，包括以下各种设计方案：EF55：前掠翼设计，无发动机，为前掠翼研究机；EF56：传统的后掠翼设计，未设计发动机，后掠翼研究机；EF57：V型翼，未设计发动机；EF58：前掠翼设计，翼尖为椭圆形，发动机挂在翼下；EF59：机身略同于EF58，前机身加挂两台发动机；EF66：前掠翼角增大，翼下挂两台发动机；EF67：前机身挂两台发动机；EF68：发动机挂载研究机；EF116：后掠翼研究机；EF122：最后期型；最后期型的EF122拥有和Ju-287V1型相同的动力学配置，但最后发展为Ju-287的却是EF125EF125：近似于Ju287V3设计 。EF125已经相当接近于Ju-287系列，但翼下仅挂两台容克Jumo012或BMW018发动机，翼展为19.40米原型机V1V1原型机可以说完全是拼凑出来的 。在EF122方案定型后，设计小组迫不及待的要测试EF122的机翼设计，于是V1型应运而生 。V1原型机性能诸元：机身：亨克尔He-177A-3机尾：容克Ju-188G-2前起落架：B-24主起落架：容克Ju-352乘员：3人发动机：4台容克Jumo 004B-1（后加装4台瓦尔特Walter HWK109-502发动机）全重：17820千克全长：18.30米高：4.70米翼展：20.11米最大速度：7000米高度 560千米/小时Ju-287V1採用的容克Jumo 004涡轮喷气发动机性能：
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原型机V1RLM标準型号推力重量转速109-004B900 kg（1984 磅）745 kg（1588磅）8700转/分109-004C1015 kg （2238磅）720 kg （1588磅）8700转/分109-004D1050 kg （2315磅）745 kg （1588磅）10000转/分109-004H1800 kg （3970磅）1200 kg （2646磅）6600转/分109-0122780 kg （6130磅）2000 kg （4410磅）5300转/分109-0224600 ehp2600 kg （5733磅）5000转/分 设计之初，Ju-287V1同EF122一样都只安装两台Jumo004在翼下，但试验机庞大的身躯使得发动机提供的起飞能量相形见绌，于是设计小组在原先基础上在前机身驾驶室下加挂两台Jumo 004，但提供的动力仍然太小，无法正常起飞，于是便在每台发动机下方加挂一只“豆荚”（pod）——瓦尔特 Walter HWK 109-502火箭发动机 。这四台火箭发动机提供了足够的起飞动力，而在起飞后便将其丢弃 。
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刚起飞的V1，起飞辅助用火箭发动机还未丢掉Ju-287的驾驶舱採用当时很流行的全花房式，使得驾驶员及领航员的视野非常清晰，不过也降低了此处的防御力 。在“花房”的上方可以看到两个为乘员準备的通风窗 。原型机V2由于在试飞中发现前机身下悬挂之两台发动机之后产生的启动发散问题会造成飞机在飞行中前机身不稳定，使得机体在飞行中不自主地向下微微俯冲，专家小组将前机身地两台发动机移至翼下，解决了该问题 。这就是所谓的原型机V2 。起初，设计小组有用Heinkel-Hirth 011A发动机代替Jumo 004的想法，主要是Jumo 004的推力太小，甚至无法达到起飞的要求 。