菌种鉴定 _生活百科

菌种鉴定【菌种鉴定】菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上机测序之后，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在99%以上就可以认为是同一个种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。
常规鉴定内容有形态特徵和理化特性。形态特徵包括显微形态和培养特徵；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。
基本介绍中文名：菌种鉴定
外文名：Species identification
常规鉴定：形态特徵和理化特性
功能鉴定：技术分析等
其他手段：可根据特殊要求提供相应的服务
方法：只要提取基因组DNA
简介菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16s rDNA片段，上GeneBank或者Eztaxon对比即可。一般序列相似度在99%以上就可以认为是同一个种细菌（当然也有例外，DNA序列仅仅是一个参考指标）。鉴定手段常规鉴定常规鉴定内容有形态特徵和理化特性。形态特徵包括显微形态和培养特徵；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。自动鉴定BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特徵指纹图谱，建立与微生物种类相对应的资料库。通过软体将待测微生物与资料库参比，得出鉴定结果。该系统已获美国FDA认可，已逐步套用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、製药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。分子生物学鉴定套用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关係，是微生物分类学研究普遍採用的鉴定方法。分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软体。採用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。API细菌鉴定API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种生化反应，已可鉴定超过600种的细菌。鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软体将待测细菌与资料库参比，得出鉴定结果。CICC可套用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸桿菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢桿菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进行鉴定。功能鉴定功能性分析及功能基因CICC不断致力于工业微生物资源的功能及其功能基因研究，通过木聚糖酶、纤维素酶、葡萄糖异构酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆进行菌种产酶的功能性分析。套用gyrA、atpD及pheS等看家基因于微生物菌种鉴定，在某些种、亚种、株间有较好的分辨效果。RAPD、SSCP技术随着微生物菌种套用的进一步发展，在食品安全管理、生物产品出口认证、智慧财产权保护等行业需求日益增加，微生物菌种株水平的鉴别技术成为一个迫切需要解决的问题。CICC採用随机扩增多态性DNA（Randomly amplified polymorphism DNA，RAPD）技术和单链构象多态性(Single Strand Conformation Polymorphism，SSCP）技术对微生物菌株进行鉴别。如採用RAPD技术能够对同一菌种原始菌株与诱变菌株进行鉴别，对诱变菌株智慧财产权保护具有重要意义；採用SSCP技术进行工业酒精酵母菌株的鉴别，此技术结合菌株发酵特性，在酒类生产的质量控制方面起到积极作用。TLC薄层层析CICC将TLC薄层层析技术套用于微生物菌种鉴定，进行细菌、放线菌细胞壁化学组分分析（胺基酸、糖），作为划分属特徵的重要鉴定技术手段，起到了良好的辅助作用。全细胞脂肪酸分析鉴定系统採用Sherlock全自动细菌鉴定系统，通过对不同菌株的脂肪酸图谱进行分析，并与标準资料库进行比对，来鉴定细菌及酵母。该技术是细菌或酵母种水平鉴定的有效手段之一。（9）（G+C）mol%及DNA/DNA杂交 CICC通过採用DU800核酸蛋白分析仪测定Tm值，从而得到微生物菌株的（G+C）mol%，并与模式菌株进行DNA/DNA同源性分析，该鉴定技术手段是多相鉴定的重要组成部分。