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清华大学 研究生院第二条评选全国优秀博士学位论文，旨在加强高层次创造性人才的培养工作，鼓励创新精神，提高我国研究生教育特别是博士生教育的质量 。第三条全国优秀博士学位论文评选工作在教育部和国务院学位委员会领导下，由教育部研究生工作办公室负责组织进行 。其主要职责为：1、部署评选工作；2、组织通讯评议和专家审定工作；3、接受和处理有关异议事项；4、研究处理评选工作中的其他问题 。
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北京大学 研究生院第四条评选工作每年进行一次，每次评选出的全国优秀博士学位论文不超过100篇 。第五条评选工作遵循“科学公正、注重创新、严格筛选、宁缺毋滥”的原则进行 。第六条全国优秀博士学位论文的评选标準为：1. 选题为本学科前沿，有重要理论意义或现实意义；2. 在理论或方法上有创新，取得突破性成果，达到国际同类学科先进水平，具有较好的社会效益或套用前景；3、材料翔实，推理严密，文字表达準确 。第七条参加评选的学位论文，一般为在评选年份的上一学年度，在国内学位授予单位获得博士学位者的学位论文 。在评选年度以前两个学年度内获得博士学位者的学位论文，如确属优秀的，也可以参评 。参加评选的学位论文应以中文撰写 。第八条全国优秀博士学位论文入选名单经过推荐、初选和複评后产生 。第九条全国优秀博士学位论文评选参评论文由学位授予单位向其所在省（自治区、直辖市）的学位委员会、研究生教育主管部门或教育部研究生工作办公室指定的其他部门推荐 。
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南京大学 研究生院第十条省级学位委员会、研究生教育主管部门或教育部研究生工作办公室指定的其他部门，根据教育部研究生工作办公室下达的初选名额对推荐论文进行初选 。初选所需经费由负责组织初选的部门自行筹措 。第十一条教育部研究生工作办公室负责组织对初选出的论文进行複评，複评工作包括同行专家通讯评议和专家审定会审定 。第十二条全国优秀博士学位论文入选名单由教育部研究生工作办公室公布 。任何单位或个人，如发现入选论文存在剽窃、作假或论文的主要研究结论不能成立等严重问题，可在入选论文名单公布之日起60日内，以书面方式向教育部研究生工作办公室提出异议 。提出异议的书面材料应包括异议论文的题目、作者姓名、学位授予单位名称、异议内容，支持异议的具体证据或科学依据，以及提起异议者的真实姓名、工作单位、联繫地址、联繫电话等 。不符合上述规定的异议不予受理 。
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中国科学院 研究生院教育部研究生工作办公室负责处理异议，并对提出异议的单位或个人予以保密 。第十三条全国优秀博士学位论文名单由教育部和国务院学位委员会批准并予以公布 。在异议期结束之日起60日内异议事项仍未处理完毕的论文不列入批准的论文名单 。第十四条全国优秀博士学位论文作者由教育部和国务院学位委员会进行奖励 。第十五条对已批准的全国优秀博士学位论文，如发现有剽窃、作假或论文的主要研究结论不能成立等严重问题，教育部和国务院学位委员会将撤消对作者的奖励并予以公布 。