九月初三日清晨，马戛尔尼使团离开住所，前往通州 。和珅等人到朝阳门送行 。同日，乾隆帝发出了致英国国王的第二份谕旨 。他不仅以轻蔑的口吻全盘拒绝了马戛尔尼的六项要求，还加了一条：禁止英国人在中国传教 。这意味着，马戛尔尼使团在北京的外交努力归于失败 。
马戛尔尼离开北京后，沿着运河南下来到杭州，然后转乘马匹和舟楫，途经浙江、江西、广东，最后来到广州，乘船回国 。沿途之上，各地督抚奉旨接待，不但规格降低，而且严加防范 。使团成员安德逊事后回忆道：“我们进入北京时好像是穷极无依的人，居留在北京的时候好像是囚犯，离开时好像是流浪者 。”那种感觉，真是糟糕之极 。
乾隆五十八年十二月初六日(1794年1月10日)，马戛尔尼等人乘船驶离广州，八个月之后，他回到英国，结束了长达两年的远东之旅 。

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