于是燕军绕过大城市、一路南下，当时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动，很快燕军就攻到了南京城下，城内的亲王与某些将领又擅自开门投降，南京终于被占领，建文帝不知所终，而且正如朱棣所料，地方上几乎没有人反对 。朱棣的靖难之役宣告成功，自己也登上了皇位，年号永乐 。而在朝廷内却是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑，或自杀却有千人 。永乐朝廷几乎无人可用，可见建文帝在文人心目中的地位是相当高的 。
建文帝的帝王之旅，四年即告结束，作为皇帝他太过仁慈，有时甚至优柔寡断，如果让他作臣子，相信他可以爱民如子，两袖清风，但做皇帝不一样，皇帝注定与鲜血分不开，他要排除异己；他要树立皇威，如果不能做到这些，皇帝也终将被历史淘汰，建文帝就是这样一个悲剧人物 。