有益物种的群体水平在转基因和非转基因水稻之间没有显著区别 。除了产生PAT酶，这些转基因水稻和商业稻没有区别 。大量研究表明这些转基因水稻品系对有益于作物或农田的生物体没有显著的负面影响，也不会导致物种灭绝 。
由于和品系不具有新的表型使其能够超越现有水稻种植的种植范围 。因此种植和品系水稻和种植非转基因水稻栽培体系对环境影响具有等同性 。
对喷施草胺磷除草剂和没有喷施草胺磷除草剂的和品系生产的谷粒、秸秆和各种加工部分（如：稻壳、糙米、半熟糙米、精米、米粉、米糠、米糠油）的样本的检测表明水分、无机盐、脂肪、蛋白质、膳食纤维和碳水化合物等指标均在在商业化水稻品种允许的正常数据范围内 。这些转基因品系谷粒中的氨基酸和脂肪酸特性与非转基因品种相似 。
水稻含有少量的抗营养素因子，集中分布在稻麸上，除了肌醇六磷酸外其余均受热变性 。这些抗营养素因子包括：肌醇六磷酸，其在植物种子中储存磷元素，在动物的消化道中螯合钙、锌、铁盒镁，从而妨碍这些营养的吸收；胰蛋白酶抑制剂；凝集素，一个蛋白家族，对细胞壁和质膜上的糖蛋白结合位点有特殊的亲和力，并且与一系列抗营养素效应和一些病理学疾病有关 。研究表明在非转基因和转基因糙谷中，胰蛋白酶抑制剂和凝集素含量都低于最低检测极限，而肌醇六磷酸的含量在两者中没有太大区别 。一个为期42天的雄性肉用鸡饲喂实验也确认了两者之间的营养组成和品质没有任何区别 。
PAT酶没有发现任何毒性特征 。它对草胺磷具有特异性识别，且在其他生物中没有发现任同源蛋白 。总之，人类和动物的食物中有少量PAT酶不会有任何可预测的负面影响 。比对公共氨基酸序列数据库，没有发现有PAT酶与任何已知的有毒物质或过敏原具有同源性，也没有发现其具有任何过敏原特性 。PAT酶对热和酸不稳定，在75度条件下蒸30分钟后完全失活 。或在PH小于或等于4的条件下30分钟也会失活 。如果蒸煮没有破坏酶的话，PAT酶也会经人类摄食后迅速消化 。研究显示在模拟胃酸环境条件下，PAT酶会再几分钟内分解 。
此外，该公司研发的含有Bar基因的转基因抗除草剂水稻也已经于2006和2008年分别在美国和哥伦比亚获得了环境释放和食用/饲用许可 。
2 抗虫转基因水稻
目前，已研发成功并获得批准的转基因抗虫水稻均含有Bt外源基因 。Bt基因一般是从苏云金杆菌（Bt）中分离出来的一种能够表达杀虫蛋白的一类基因 。
2005年，伊朗的农业生物技术研究所利用基因*法研发的具有条纹螟虫抗性的转基因水稻获得了在本国种植、食用和饲用的批准 。该水稻品系含有人工合成的外源基因，其是Bt基因的一种 。
2009年，由中国华中农业大学利用农杆菌介导法研发对鳞翅目害虫具有抗性的转基因水稻（ Event）获得了在本国种植、食用和饲用的安全证书 。
3 抗花粉过敏转基因水稻
2007年，日本国家农业科学研究所利用农杆菌介导法研发的具有抗花粉过敏的转基因水稻（7Crp#10和7Crp#242-95-7）在本国获得种植批准 。这两个品系均含有雪松花粉蛋白基因Cryj I和Cryj II 。该基因编码一段能够被人体内雪松特异过敏原T细胞识别的人工氨基酸序列 。含有该基因的水稻品系能引起抗原反应，有助于降低花粉过敏反应 。
4 金稻
金稻（ rice）是利用遗传工程方法产生的能合成beta-胡萝卜素（维生素A前体）的栽培稻品种 。该品种在维生素A摄入量不足的地区作为一种功能食品被开发，其目的是为了满足部分以水稻为主食的人群对维生素A的摄入量，以避免他们由于维生素A缺乏而导致的各种疾病 。2005年新品种金稻2（ Rice 2）研发成功，其产生的beta-胡萝卜素是金稻的23倍 。