沈万三处于事业巅峰时，他的弟弟沈贵(万四)已看到危机，曾写诗劝他说：“锦衣玉食非为福，檀板金樽亦可休 。何事百年长久计，瓦罐载酒木绵花 。”要他低调做人，从事耕织，但沈万三没有听从他弟弟的话，终于招来了灭顶之灾 。
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据明人田艺蘅《留青日札》记载：有一次，朱元璋准备犒赏三军，沈万三主动要求代他出赏钱 。朱元璋有意刁难他说：“朕有军百万，汝能遍及之乎?”哪知沈万三豪爽地回答：“愿每军犒金一两!”朱元璋听后大吃一惊，嘴里说：“此虽汝好意，然不须汝也 。”但内心里却起了杀掉沈万三的念头 。
《明史·马皇后传》有更为详细的记载：“吴兴富民沈秀者，助筑都城三之一，又请犒军，帝怒曰：‘匹夫犒天子军，乱民也，宜诛!’后谏曰：‘妾闻法者，诛不法也，非以诛不祥;民富敌国，民自不祥，不祥之民，天将灾之 。陛下何诛为?’乃释秀戍云南 。”
所谓“戍云南”，就是发配到云南充军 。根据这一记载，他应该是死在云南，或者死在充军的路上了 。
沈万三“元人”考
明史专家顾诚先生曾作《沈万三及其家族事迹考》，详细考证了沈万三的身世，否定了他是明初人的说法，认为他生在元代也死在元代，史籍中有关沈万三在明初的一切“事迹”均是讹传 。兹将顾诚先生及有关学者的论述综述如下 。
一、沈万三的确切生卒年虽然难以查清，但他在明朝建立以前即已去世是可以确定的 。《吴江县志》卷五六载：“张士诚据吴时万三已死，二子茂、旺密从海道运米至燕京 。”
张士诚的军队攻占平江路(苏州)是在元至正十六年(1356)二月，这就是说1368年朱元璋建立明朝的时候，沈万三已死去十二年以上 。既然他已经在元朝末年去世，当然不可能遭到明朝开国皇帝朱元璋的打击了 。
二、据元末明初人王行所撰的《沈荣甫墓志铭》、《沈茂卿墓志铭》，洪武九年(1376)，沈万三之子沈荣甫死，年七十一岁 。据此，则元明易代之际，其子沈荣甫六十二岁，其孙沈森也有三十九岁，以中国人偏高寿命推算，沈万三尚在人世的可能性极小 。即使活着，至少也是八十左右的垂垂老者，什么筑城呀、输粮呀、犒军呀，还用得着他来露脸么?他露得了脸么?
三、《沈荣甫墓志铭》云：“初，(沈)荣甫之先君子(富)，游于故侍讲袁文清公(桷)之门，公每嘉其敦信义 。时楚之长沙攸县人冯子振，方张声誉，号海粟，以文翰自矜许 。来吴，必主之，深加爱厚，为大书‘积善’二字，殆以表其志也 。”
王行为当时著名学者，两次受聘为沈氏家庭教师，为沈家亲属所作的应酬文字达十一篇之多，但涉及这个名闻天下的大富翁沈万三的却仅此一见，时间标示为“初”，称谓为荣甫之“先君子”，除此“追述”之外，无任何直接描写之文字 。又，王行为沈万三之子、之孙都写了《墓志铭》，却没有为沈万三写《墓志铭》 。考王行首次设馆于沈家为元末，可见，在王行莅馆之前，沈万三早已作古 。
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四、据上文，沈万三与元代侍读学士袁桷有过交往，冯子振曾多次下榻于沈万三家中，并为他题了“积善”二大字 。据《元史·袁桷传》，袁桷死于元泰定四年(1327)，下距明朝开国(1368)四十一年 。冯子振附于陈孚传后，未书卒年，陈孚卒于元大德七年(1303)，下距明朝开国六十五年，从他的交游层面来推测，他主要的活动年代是元朝中期，即大德、延祐年间，即使后延，也很难延到明朝开国之后 。
【江南首富沈万三因太富被明太祖朱元璋害死？】