- 在玄奘所译《瑜伽师地论》最后二十卷中 ， 发现《摄事分》的大分是引用全部《杂阿含经本母》 ， 因此探明瑜伽一系学说真正来源为上座部禅法 。它为研究瑜伽系的渊源和大小三乘佛法的相互关係提供了有力的根据 ， 在佛学史上具有极其重大的价值 。他更订正翻译后弄乱的《杂阿含经》次第 ， 写成《杂阿含经刊定记》 。先生还指出“阿含”圣典乃三乘共教 ， “佛说契经结集流布 ， 莫先于《阿含》 ， 亦莫信于《阿含》” ， 将之判属“小经” ， 鄙为“始教”是很不恰当的 。《瑜伽》中包含《本母》 ， 所举契经中存有有部之说 ， 由是可见《瑜伽》与毗昙同其宗据 ， 大小论议源流俱见 。所以有专家指出：严格而言 ， 以学术论学术 ， 《杂阿含经本母》的发现和经文秩序的刊定 ， 是世界性的成就 ， 不但玄奘本人未曾发觉 ， 连日本学者竭数十年之力 ， 也不及吕先生的发现 。
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在《瑜伽师地论》里发现引用《小品宝积经》的旧注 ， 而成《宝积经瑜伽释》一书 ， 不仅看出大乘学说的前后联繫及发展线索 ， 且订正旧译《宝积经论》的错误 。
认清梵、藏本唯识论书的文义自成一系 ， 与玄奘所传不同 ， 而确定唯识古今学说分歧之所在 ， 从此 ， 唯识学前后变迁迹象一目了然 。除了在唯识研究上独树一帜外 ， 先生还沟通汉藏佛学 ， 重视藏传佛学的研究 ， 同时发扬佛家因明学 。
寻出《俱舍论》与南北双方《毗昙论》的关係 ， 判明小乘毗昙学说的系统 。
校勘编印《藏要》一书 ， 这部丛书共收书七十种 ， 总四百余卷 ， 佛藏精粹 ， 尽在其中 。此书整理考订各地所发现历代大藏经刻本 ， 因而廓清藏经版本源流 ， 确定文字正谬的标準 。又从国外校印的梵、藏文佛典 ， 和康、藏各种刻版的西藏大藏经比较研究 ， 而见到汉文翻译的优劣 ， 其选材之审慎、校勘之精细是史无前例的 。《藏要》被用作校释佛籍的重要参考本 ， 也是当今国际佛学研究重要的参考资料 。
在考据基础上 ， 开“义据批评法”研究佛学思想及佛经真伪之先河 ， 并且将其运用于《大乘起信论》等起源的研究上 ， 取得了决定性的成果 。
先生一生的工作 ， 主要的一项就是釐清“心性本净”与“心性本觉”的思想界限 。中国佛学的核心思想－－有关心性方面的理论 ， 虽然源自印度 ， 但是从北魏以来 ， 通过中国佛教思想家的变通、调和乃至别有用心的改造 ， 终于生成与印度不同的理论体系 。吕澄指出“本净”是明净、寂净之意 ， 是不与嚣动的烦恼同类 ， 而“本觉”则是指自性具有智慧、真知而言 。由此 ， 就解脱成佛的角度讲 ， “本净”是“可能的”、“当然的” ， 而“本觉”则是“现实的”、“已然的” 。吕澄力辨两者思想截然相异：“性寂”为“革新”；“性觉”为“返本” 。前者以“境界依” ， 可以为道日进、以达解脱之圣域；后者误“情性为性觉” ， 扩充之即成标榜个我、反致沉沦之绝渊 。吕澄当时已经强调性寂说的“革新”义：“鹄悬法界 ， 穷际追求 ， 而一转捩间 ， 无住生涯 ， 无穷开展 ， 庶几位育 ， 匪托空言 。”充分表现出积极的个体超越和宗教淑世精神；而“返本”之说 ， 则“才具足于己之心 ， 便毕生委身情性 ， 纵有安排 ， 无非节文损益而已；等而下之 ， 至于禅悦飘零 ， 暗滋鄙吝 ， 则其道亦既穷矣” 。就佛教实践角度讲 ， 印度佛学“本净说”必然主张革新 ， 汉语佛学“本觉说”则提倡返本 ， 两者在价值意向上是根本不同的 。这一论述在现代佛学史上具有重大的理论意义：它触及佛教理论与实践的核心问题 ， 涉及在佛学中知识论与本体论孰为优先的问题 ， 还关係到如何看待佛教思想的演变、中印佛学的区别 ， 以及辨别佛典的真伪等方法论意义的重大问题 。