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剑龙属实际上拥有17块板状物与4根发现剑龙最早为奥斯尼尔·查尔斯·马许在1877年所命名；在19世纪后期，马许与另一位考古学家爱德华·德林克·科普之间有俗称为“骨头大战”（Bone Wars）的竞争，而剑龙是首先被收集与描述的众多恐龙之一 。化石的发现地点是莫里逊组的北部，这些最早出土的化石成为了装甲剑龙（Stegosaurus armatus）的正模式标本（holotype） 。剑龙属名“Stegosaurus”的意义，源自“有屋顶的蜥蜴”，这是因为马许一开始以为剑龙身上的板状构造，是有如屋瓦一般地覆盖在整个背上 。几年之后，又有许多较完整的化石出土，而马许也发表了几篇关于剑龙属的论文 。他描述、命名了许多的物种，但是其中有许多尚未获得公认，有些可能是无效名称，或是现有种的同物异名 。现存公认的三个物种当中，有两种的研究较多，另一种的研究较少 。

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剑龙的骨架 - 法兰克福森肯贝格博物馆世界上的古生物学家对剑龙的研究已有100多年的历史，其间人们发现的剑龙化石大多支离破碎 。1886年，一具完美的剑龙头骨骨架化石，在美国科罗拉多州被发现 。此后，剑龙完整的骨架一直没有“浮出水面” 。1980年，四川省自贡市大山铺发现了一种名叫“太白华阳龙”的剑龙，除几具骨架外，还包括两个完好的头骨 。华阳龙的问世，意义深远 。过去，人们都认为欧洲是剑龙的故乡，后来才移居到美洲、亚洲和非洲 。华阳龙标本的发现，改变了许多古生物学家的看法，他们开始相信，剑龙的起源中心应该在亚洲，因为我国四川的华阳龙是在侏罗纪中期地层中发现的，而其他各大洲可靠的剑龙化石都是在这以后的侏罗纪晚期地层中发现的 。剑龙的化石在欧洲、北美、东非及东亚都有发现 。其中以亚洲发现最多，可视为其发祥地 。而亚洲的剑龙大部分发现于我国，迄今已发现9个不同种类，占世界已知总数的一半，使中国成为世界上剑龙类化石蕴藏最丰富的国家，并代表了5个不同演化阶段的剑龙化石，尤其是早、中侏罗世原始类型在我国的发现，更为东亚是剑龙类的发祥地和最主要的演化中心的理论，提供了重要的化石依据 。自贡地区产出的剑龙化石有20余个个体化石材料，其中有6个完整程度不同的头骨，具有代表性的标本首推太白华阳龙、多棘沱江龙和四川巨棘龙 。2015年3月9日，美国发现世界最完整剑龙骨架：死时重1600公斤 。物种1）存在物种装甲剑龙（Stegosaurus armatus）意思是“附装甲的有屋顶蜥蜴”，是最早发现的物种 。这些发现包含了两具不完全的骨架，以及至少30件零碎的个体 。这个物种拥有4支水平的的尾部尖刺，以及相对较小的板状物 。另外其身长为9公尺，是剑龙属中最长的一种 。狭脸剑龙（Stegosaurus stenops）意思是「脸部狭窄的有屋顶蜥蜴」，是马许在1887年所命名[3] 。其正模式标本是1886年，由马修·费克（Marshal Felch）收集于科罗拉多州甘农城（Cañon City）北方的的花园（Garden Park）中 。此物种是剑龙属中受了解最多的一种，因为它的化石包括了至少一具完整骨架 。它们拥有长且宽的板状物与4支尖刺，研究结果是来自至少50具不完整的幼体与成体骨架、一具完整骨架，以及至少4件不完整的颅骨 。这个物种的身长较短装甲剑龙，约7公尺 。

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剑龙标本与模型长刺剑龙（Stegosaurus longispinus）意思是「拥有长尖刺的有屋顶蜥蜴」，命名者是查尔斯·惠特尼·吉尔摩（Charles W. Gilmore） 。发现于怀俄明州的莫里逊组，已知有一具不完整骨架 。这个物种的特色在于4支较长的尖刺，有些人认为这个物种其实属于钉状龙属（Kentrosaurus） 。身长与狭脸剑龙相同，为7公尺 。可疑物种科摩崖Stegosaurus ungulatus：意思是“有蹄的有屋顶蜥蜴”（"hoofed roof lizard"），是马许在1879年所作的命名 。遗骸出土于怀俄明州的科摩崖（Como Bluff），包括了少许的脊椎骨与骨板 。这些化石可能是属于装甲剑龙的幼体，虽然装甲剑龙的原始化石已经有完整的描述了 。在葡萄牙发现的一些标本，其地质时代为上启莫里阶至下提通阶，也已经归类到这个物种当中 。Stegosaurus sulcatus：意思是“有皱纹的有屋顶蜥蜴”（"furrowed roof lizard"），是马许在1887年根据一具不完整的骨架所作的命名[17] 。这个名称后来被认为是装甲剑龙的异名 。

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