西斯三巨头他走后，达斯·特拉娅（Darth Traya）、达斯·塞恩（Darth Sion）和达斯·奈亚利斯（Darth Nihilus）组成的“西斯三巨头”（Sith Triumvirate）製造了“第一次绝地大清洗”，绝地武士团差点全灭，幸亏被绝地流亡者米特拉·苏里克（Meetra Surik）及时制止 。
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重获新生苏里克最后追随瑞文，也远赴未知空间寻找“真正的西斯” 。很不幸，瑞文和苏里克没有撼动“真正的西斯” 。瑞文被维希埃特囚禁在凝滞设备里；苏里克肉体死亡，英灵一直伴随着瑞文 。大约三百年后，“真正的西斯”向共和国宣战，史称“银河大战”（Great Galactic War） 。大战以共和国惨败而告终，科洛桑绝地圣殿被毁，共和国不得不与西斯帝国签署《科洛桑条约》，这份和约把共和国变成了“黑暗委员会”的附庸 。“复兴的西斯帝国”开始独霸银河系 。战后，共和国和西斯帝国陷入了长达十二年的“冷战”（Cold War） 。冷战期间，两国边境冲突不断，代理人战争频发，最终导致一场新的“热战”爆发 。这场战争史称“银河战争”（Galactic War） 。战争后，复兴的西斯帝国被消灭 。
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特立独行在银河战争中，西斯尊主达斯·马尔格斯（Darth Malgus）脱离复兴的西斯帝国，与自己的追随者建立了一个不属于共和国也不属于帝国的独立政权 。马尔格斯自立为帝，称自己的国家为“新帝国”（New Empire） 。新帝国是一个短命的政权，在共和国与西斯帝国的夹击下，维持了不到一年即分崩离析 。后来，复兴的西斯帝国也被共和国消灭了 。
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黑暗时代到雅文战役前2000年左右，有一名绝地大师凡尼乌斯（Phanius）堕入黑暗面，成为第一名被列入“失落的二十人”的绝地 。他自封为达斯·鲁因（Darth Ruin），和追随他的五十名绝地武士一起定都鲁恩（Roon）星球，建立了“新西斯帝国” 。新西斯帝国的版图比旧西斯帝国、埃克萨·库恩的西斯帝国、瑞文的西斯帝国等都大，它向共和国发动了“新西斯战争”，不过，战争对双方的损害都很大 。共和国虽然进入了一个所谓的“黑暗期”，但新西斯帝国的境遇也好不到哪里去，帝国境内军阀混战 。终于，千年之后，卡恩尊主（Lord Kaan）把西斯统一在了“黑暗兄弟会”的麾下，对抗由霍斯尊主（Lord Hoth）率领的绝地“光明军” 。两军在鲁桑（Ruusan）星球展开决战，光明军损失惨重，黑暗兄弟会灰飞烟灭 。从此以后，绝地认为西斯被彻底刬除，但实际上西斯进行了改组 。
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达斯·鲁因（Darth Ruin）二人法则战后，有西斯对西斯体制进行了划时代的改革，创立“二人法则”（Rule of Two），西斯彻底转入地下 。银河共和国则进行了鲁桑改革，废除常备军，仅保留一支法务部队 。绝地成为共和国的维和力量 。此后，在“二人法则”下，先后有两对西斯师徒影响过银河系的历史：银河帝国一对是达斯·西迪厄斯（Darth Sidious）和达斯·维德（Darth Vader），达斯·西迪厄斯是银河历史上最厉害的阴谋家，他几乎以一己之力把整个银河共和国扭转成了银河帝国（Galactic Empire，全称银河第一帝国），先后领导了複製人战争和银河内战 。儘管他最终失败了，但帝国残余从此一直是新共和国最头疼的对手之一，帝国残余中的罗恩·费尔曾在达斯·克雷特的协助下短暂地恢复了银河帝国对银河系的统治，但很快被达斯·克雷特背叛 。最后他的女儿、银河帝国女皇玛拉西娅·费尔在绝地和银河同盟的帮助下打败了达斯·克雷特 。