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Old Sith Empire东山再起那伽·萨多逃亡至雅文四号卫星，另一部分西斯人流亡未知空间，伺机东山再起 。纯血统的西斯种族一度被认为就此灭绝 。后来那伽·萨多逝世于雅文四号卫星，他的阴魂把绝地弗里登·纳德（Freedon Nadd）引入黑暗面，变成西斯黑暗尊主 。纳德来到翁德伦（Onderon）星球，成为翁德伦王室的始祖 。他死后被葬于翁德伦，但阴魂却遗患百年，到雅文战役前3997年左右，他的阴魂先后把泰塔（Teta）女皇星的克拉思（Krath）宗教团体和绝地学徒埃克萨·库恩（Exar Kun）引入黑暗面 。克拉思教徒又把绝地学徒尤利克·凯尔-德罗马（Ulic Qel-Droma）引入黑暗面 。凯尔-德罗马和库恩成为新一代西斯黑暗尊主 。凯尔-德罗马以一场角斗赢得曼达洛人（Mandalorian）的忠诚，库恩则进一步把无知的绝地学徒引入黑暗面 。至此，库恩以雅汶四号卫星为基地，以泰塔女皇星为活动中心，建立了一个鬆散的、小规模的，但强大的西斯政权，史称“埃克萨·库恩的西斯帝国” 。这个所谓的西斯帝国没有完整的政府组织和政权结构，因为它存在的时间很短，还没来得及壮大就被镇压了 。不过，在它存在的有限时间里，却给绝地带来了深重的灾难 。许多绝地大师命丧于自己以前的学徒之手，史称“绝地大屠杀”（Jedi Holocaust） 。最终，绝地与共和国的联合舰队驶入雅文四号卫星上空，逼迫库恩毁灭一切，把自己的阴魂封禁在神庙里 。
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Sith Empire (Great Sith War)不到四十年后，被共和国击退的曼达洛人捲土重来，向共和国发动了残酷的曼达洛人战争 。在这场战争中，崛起了两位绝地英雄——瑞文（Revan）和马拉克（Malak） 。他们在马拉科五号行星（Malachor V）战役中获悉未知空间存在“真正的西斯”（True Sith），而曼达洛人战争正是“真正的西斯”入侵共和国的前奏 。为了探查真相，两人深入未知空间，发现“真正的西斯”原来就是当年流亡未知空间的“旧西斯帝国”残部 。这个西斯帝国的统治机构被称为“黑暗委员会”（Dark Council） 。瑞文和马拉克被西斯皇帝维希埃特（Vitiate）俘虏 。维希埃特控制了他们的思想，让他们作为先头部队进攻共和国 。一旦他们向维希埃特回报共和国的抵抗已被粉碎，西斯帝国将捲土重来 。但不料他们俩强大的意志扭曲了西斯皇帝灌输给他们的指令 。他们有意忘记皇帝和西斯帝国，仅仅自封为西斯黑暗尊主“达斯（Darth）·瑞文”和“达斯·马拉克” 。瑞文和马拉克成立的西斯政权定都科里班，被称为“瑞文的西斯帝国” 。这个西斯帝国正式向共和国宣战，史称“绝地内战” 。凭藉在曼达洛人战争中树立的威信，瑞文和马拉克吸引了大量共和国精英和绝地加入他们的行列 。
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Sith Empire (Jedi Civil War)和埃克萨·库恩的西斯帝国相比，瑞文的西斯帝国管理体制更完善 。每个帝国辖区都有黑暗绝地担任总督，每箇中立地区都有西斯帝国的外交官 。战争期间，绝地突击队奇袭瑞文的旗舰，马拉克在关键时刻出卖瑞文，瑞文在内外夹攻下身负重伤，丧失记忆 。共和国与绝地给失忆的瑞文灌输了光明的思想，让他成为一名强大的绝地武士 。最终，脱胎换骨的瑞文消灭了马拉克，结束绝地内战 。逐渐恢复记忆后的瑞文再次远涉未知空间调查“真正的西斯” 。
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