南方学派的出现比北方学派略晚,其代表人物为舒卡年姆尼多吉,他1439年出生于前藏塔波拉妥舒卡,又名达磨沙米底欧却吉,父亲是一位医生,他除学习家传的医疗知识和经验外,还从汀顿旺丘桑布、阿旺札巴等人学习医学及五明学,当时才10岁 。14岁时,他曾与北方学派的名医弥易尼玛互相学习,讨论医学问题,据说在16岁左右就已学有所成,著成一部《千万舍利》,其意为以一颗舍利总诀千万个重要医学问题,自此声名大噪 。以后,又陆续著成《四部医典广注水晶彩函》、《四部医典问难银镜》、《格言阳光》、《自他皆益的教诲》等等 。他曾经与山南塔贡地区的涅、洛、恰、埃、娘、工布的医生们在一起,对自己所着的《珍宝药物形态识别》、《药昧铁发》、《甘露池》、《甘露库》等著作中的药物,就性味、功效、本质、主治病证、作用等进行讲解和论述,从而使这一地区的医学空前繁荣 。
总之,在年姆尼多吉创立南方学派之后,人才辈出,尤其对《四部医典》的研究,深有心得和发挥 。除了这两大学派之外,藏区还有一些其他的学术流派 。如在宗教派别中的萨迦派、噶举派、格鲁派中,也各出了不少名医,如察瓦宫却嘉、葛玛让穷多吉等等,都各有自己的著作 。在藏历第10个绕迥木羊年出生的直贡却吉札巴(公元1595—1659),又继承了南方学派各师长的遗训,苦练技术,著有《四部医典注文》和论述一千零一种定数对策的《言教美饰》、记载珍宝大黑丸的记录《贤者欢喜》、治疗风湿病的《保寿救命》、治水肿的《秘密管引》等共25类上百种配方,成为一个直贡学派 。
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