第一种，陈圆圆失去吴三桂宠爱之后，正妻吴氏多次想要谋害她，因此为避祸，陈圆圆请求削发为尼，此后与青灯古佛相伴 。后来吴三桂反清兵败，陈圆圆便自沉于五华山长国寺的莲花池，死后葬于池侧 。也有在城破当日，自刎而死的说法 。
还有说的是，陈圆圆早在城破之际，便已经病死 。
第三种说法，吴三桂死后，清军南下，欲灭其九族 。陈圆圆得到消息后，带着儿子吴启华、孙子吴仕杰，在吴三桂生前亲信、军师马宝的护送下，逃到贵州的一片原始森林避难 。

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