pcoldi质粒图谱质粒图谱( 二 ) _启动子

第二点需要注意的是，有的酶切位点，在序列中只有一个，但它上面也会标注一个*或者（dam），这说明可能这个酶切位点会有CpG岛的甲基化修饰[常见的是XbaI，TCTAG(6m)A中的TC无法切开]，一般也是不能用的。但是非要用这个酶切位点的话，就需要用非甲基化的感受态细胞，如JM109或者JM110 。
4.第四步，看多克隆位点的序列：
末端如果有差异的话，可以把基因的ATG（甲硫氨酸）的5`末端替换1-2个碱基（变成GTG或者GCG这样），从第二个氨基酸序列开始完全一致即可。而配合扩增和酶切的话，插入片段是允许有3`末端的冗余。
为了可以应付3`末端的冗余碱基，在多克隆位点序列后，会有译码的终止TAA密码，即使插入的片段使得3`末端产生了移码突变，照样能使表达的蛋白正常终止掉（在酵母双杂的AD质粒中，由于插入的是随机cDNA，所以AD的载体上会常见这样的结构）。
扩展资料
分类
1.根据质粒能否通过细菌的接合作用，可分为接合性质粒和非接合性质粒。
接合性质粒带有与接合传递有关的基因。非接合质粒在一定条件下通过与其共存的接合质粒的诱动或转导而传递。
2.根据质粒在细菌内的复制类型可分为两类：严紧控制型和松弛控制型。
严紧控制复制型质粒的复制酶系与染色体DNA复制共用，只能在细胞周期的一定阶段进行复制，当细胞染色体停止复制时，质粒也就不再复制。
松弛控制复制型的质粒的复制酶系不受染色体DNA复制酶系的影响，在整个细胞生长周期中随时都可以复制，在染色体复制已经停止时质粒仍能继续复制。
3.根据质粒的不相容性，可分为不相容性和相容性。
不相容性指结构相似、密切相关的质粒不能稳定地共存于同一宿主细菌内的现象，反之为相容性。常用于流行病学的调查。
参考资料：百度百科-质粒
质粒图谱的认识
1.复制起始位点：Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。F1启动子（f1 ori）代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA
2.抗生素抗性基因：单词最后会以大写R或上标r结束。
Ampr 氨苄青霉素，水解 β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
tetr 四环素，可以阻止四环素进入细胞。
camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶使 G418（长那霉素衍生物）失活。
hygr 潮霉素，农杆菌里常用的。使潮霉素 β 失活
Kan（卡那霉素，常用）、Cmr（氯霉素，某些酵母表达质粒）、SM（链霉素）、
3.多克隆位点 MCS：它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
4.P/E 启动子/增强子
P：这个一般是代表启动子。常见的启动子有：CMV、EF1（这俩是启动长片段的），H1、U6（启动短片段的，比如shRNA），35S、2×35S（做植物的应该懂的）。
5.Terms 终止信号
加 poly（A）信号：可以起到稳定 mRNA 作用。pA：这个就是转录终止位点poly A 。
关于质粒:
质粒图谱4大要素
质粒解剖
质粒四大要素：
一、复制起点：控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数；
Ori 是质粒的复制起点（也称), ori 和它所控制的组分一起称为一个复制子，ori 调控整个质粒在大肠杆菌中滚环式复制，使得质粒可以得到大量扩增
质粒中有两个的，为穿梭质粒，既可以在原核细胞复制，也可在真核细胞中复制。

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