不久 ， 何充及庾冰与武陵王司马晞、会稽王司马昱及尚书令诸葛恢皆受诏为顾命大臣 。次日 ， 晋成帝死 ， 司马岳继位为晋康帝 。晋康帝来到殿前 ， 庾冰、何充两边侍坐 。晋康帝说：“朕继皇位 ， 是二位爱聊之力 。”何充说：“陛下即位 ， 是庾冰一人之力 。若依愚臣的主张 ， 陛下就不能君临天下了 。”晋康帝面有愧色 。
晋康帝即位 ， 后仍委政给庾冰及何充 。而同年何充改任骠骑将军、都督徐州、扬州之晋陵诸军事、领徐州刺史 ， 出镇京口 ， 以避诸庾 。
建元元年(343年) ， 何充出任骠骑将军、都督徐州扬州之晋陵诸军事、假节 ， 兼任徐州刺史 ， 镇守京口 ， 以回避庾氏兄弟 。不久 ， 庾翼将举行北伐 ， 庾冰出镇江州 。何充入朝 ， 向康帝进言说：“庾冰是尊贵的国舅 ， 应做宰相掌管朝政 ， 不宜远出 。”朝臣讨论的结果否定了何充的建议 。于是朝廷征召何充为都督扬州豫州徐州之琅琊诸军事、假节 ， 兼任扬州刺史 ， 将军封号不变 。此前 ， 庾翼征发江、荆二州全部编入户籍的奴隶以充兵役 ， 士人百姓纷纷谴责 。何充打算征发扬州的奴隶来分担舆论对庾翼的指责 。后因中兴之时已征发过三吴的奴隶 ， 如今不宜再征发而终止 。
建元二年(344年) ， 晋康帝病重 ， 庾冰及庾翼打算立晋元帝子会稽王司马昱为帝 ， 但何充则建议立皇太子司马聃 ， 并得康帝答允 。康帝于当年逝世 ， 何充随后以康帝遗诏立司马聃为帝 ， 即晋穆帝 。庾冰及庾翼因而十分憎恨何充 。当时晋穆帝年幼 ， 临朝的皇太后褚蒜子重用何充 ， 让他可带甲杖百人入殿 。又应何充认为自己不宜兼任中书监和录尚书事之要求 ， 解任中书监并加授侍中 ， 又赐其羽林骑十人 。

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辅佐幼主
晋穆帝即位后 ， 庾冰逝世 ， 次年庾翼亦患病 ， 何充一人独掌大权 ， 辅助幼主 。庾翼临终前 ， 上表朝廷请求将他的职位委托给他的儿子庾爰之 。于是议论者都认为庾家世代守西藩 ， 人情所归 ， 应该依从庾翼的请求 ， 以安人心 。何充说：“不可如此 。荆、楚是国家的西大门 ， 拥有人口百万 ， 北有强胡环绕 ， 西与劲蜀为邻 ， 地势险阻盘曲 ， 绵延万里 。所任得才则可平定中原 ， 所任非人则国家社稷可忧 ， 正所谓陆抗存则吴国存 ， 陆抗亡则吴国亡 ， 怎能让一个白面少年来充当此重任呢!桓温才略过人 ， 文武兼备 ， 经略荆楚的重任 ， 非桓温莫属 。”议论者又说：“庾爰之肯让桓温吗?如果他拥兵阻挡桓温 ， 祸害不浅 。”何充说：“桓温足以制服他 ， 诸位不必多虑 。”
于是 ， 朝廷让桓温担负守西藩之重任 。庾爰之果然不敢争 。何充以为卫将军褚裒为皇太后之父 ， 应当执掌朝政 ， 上疏举荐褚裒参与总领尚书 。褚裒以居住狭窄为由 ， 坚决请求做地方长官 。何充说：“桓温、褚裒为一方诸侯 ， 殷浩掌管诏令 ， 我可以无辛劳了 。”
何充身居宰相 ， 虽无修正改革之能 ， 但刚强果敢 ， 才识度量过人 ， 执掌国政 ， 正气凛然 ， 以国家兴旺为己任 ， 凡是选任官职 ， 无不以功臣为先 ， 不为私人树立亲戚党朋 ， 人们因此敬重他 。然而 ， 他所亲近的多有平庸乱杂之人 ， 信任不得其人 ， 而且酷爱佛教 ， 大修寺庙 ， 供养的和尚以百计 ， 浪费亿万而不吝惜 。
亲戚朋友贫困短缺 ， 他却没有任何施舍馈赠 ， 由此遭受世人的讥议 。阮裕曾对他开玩笑说：“卿志大宇宙 ， 勇迈万古 。”何充问其缘故 。阮裕说：“我希图几千户人口的郡尚且不能得到 ， 卿希图成佛 ， 这志向能说不大吗?”当时郗愔和他的弟弟郗昙信奉天师道 ， 而何充及他的弟弟何准笃信佛教 ， 谢万讥笑他们说：“二郗谄于道 ， 二何佞于佛 。”

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