1、根据形态待征判断其活力：原生质体呈绿色（若来源于叶片）及圆而鼓者为活原生质体 。
【原生质体制备过程中应该注意哪些 如何判断原生质体制备是否成功?】2、荧光染料活体染色法：荧光素染料可自由透过细胞膜，在细胞内被酯酶水解为荧光素，后者不能自由透过细胞膜而滞留于细胞内，在荧光显微镜下根据荧光强度即可判断原生质体死活 。
3、酚藏花红染色法：活原生质体能吸收呈红色，无活性的则不能吸收而无色 。
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