【方以智的一生可以分为几个时期？分别有着哪些际遇】方以智早年没有更多的研究哲学，而主要是写作诗、词和政治论文 。他主张“公”和“明” 。《通雅》卷首中说：“治在君、相，人在师教，学在实讲，公、明而已 。”《中涓议》中又引证了朱熹的“惟公惟明，相道毕矣” 。他认为“公”就是没有偏见，“明”就是“能好能恶” 。这与一百年后戴震所强调的“去私”与“去蔽”的政治主张有相通之处 。
中期
从明崇祯十七年(1644年)至清顺治九年(1652年)在广州期间
方以智改名吴石公，后被南海令姚奇胤(字有仆)所发现 。姚是方的故人和庚辰(公元1640年)考试的同年，他请方为其儿子姚端的老师 。在南海令官署，方以智重新整理《通雅》旧稿 。又曾写《锦缠玉》剧本，亲教伶人排唱 。这时他写作的诗集取名为《瞻旻》 。方到粤不久，其夫人潘氏携第三子方中履经福建来广州团聚 。隆武二年(公元1646年)桂王朱由榔在肇庆即位监国，任方以智为少詹事，翰林院侍讲学士 。由于党派斗争，太监专权，他看到事无可为，坚决退隐在湖南广西交界的苗峒中 。永历多次召他为东阁大学士，他十次上疏辞退 。这些辞疏尚都保存，可以看出他当日对时局的观感 。他的诗句“西南更望层云黑，谁把新亭泪眼看”!说明了他对永历朝廷的失望 。
永历四年(公元1650年)清兵入广西桂林，瞿式耜与张居正的曾孙张同敞共同守城殉难 。方以智去昭平仙回山“披缁为僧” 。方中履随方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，过着饥寒交迫的生活，终于被清兵搜出 。清帅马蛟驎反复逼降无效，最后听任方为僧 。方以智于是去梧州，在梧州云盖寺居住两年 。至顺治九年(公元1652年)八月，偕同施闰章(宣城人，号愚山)至庐山，同年年底回桐城省亲 。他的哲学著作《东西均》的开章即写于到达庐山之时 。这一阶段是方以智一生的转折点，从轻衣肥马的贵公子到流离转侧的苦行僧，从红灯绿酒到黄卷青灯，从入世到出世 。《桐城耆旧传》的作者马其昶论方以智说 。“躬豪杰之才，遭逢季运，以占毕称，岂其志哉 。”就在这一阶段，对政治和社会的理想与抱负无从实现，于是全部精力转入著书立说的学术生活中 。在流离中缺乏图书资料，他自己说“作挂一漏万之小说家言，岂不悲哉 。愚道人今年三十六矣，读书亦有命”(见《通雅》卷三附记) 。然而在这一时期终于写成《物理小识》，《切韵声原》，《医学会通》，《删补本草》等书 。
晚期
从清顺治十年(1653年)至康熙十年(1671年)
方以智晚年，从顺治十年(公元1653年)算起，这年元旦，回到桐城南郊白鹿湖见到父亲方孔炤 。他在《象环寤记》中说：“以祗支(袈裟，表示为僧)为退路，即为归路 。”说明他在梧州为僧，其实际目的是为了回乡 。安徽地方官要奏用他时，他说：“匹夫不可夺志，出世人安往(往何处)，不得涅盘也?”“祗支”和“涅盘”成为他的遁词和借口 。就在这年，他重去离别十年的金陵，皈依天界寺的觉浪道盛法师 。觉浪是当时佛教曹洞宗的前辈，曾因文字中称朱元璋为“太祖高皇帝”被清政府逮捕下狱，后查明系明亡以前所作而释放 。觉浪的另一门徒啸峰大然也就是崇祯末年与方孔炤同系诒狱的御史倪嘉庆 。方以智“闭关”于金陵高座寺的看竹轩，潜心写哲学著作 。作为曹洞宗的一个法门弟子，佛教对他有一定影响 。另一方面，出家又只是与环境作斗争的一种手段 。