到了宋代以后，南沙区域也被划归在海疆范围之内，属于琼州府辖区所管辖，由于当时海上贸易已经形成，海盗也是逐渐猖獗，于是就开始设立巡海水师，对所辖海域进行巡逻 。而到了元代之后，著名天文学家郭守敬，就在南海诸岛上“测得南海北极出地一十五度”，到了明朝之时，航海家郑和就曾率领数十万人马乘几十艘巨舰出海，如今我国的郑和群礁就是为了纪念他七下西洋的光辉历程，到了清朝时期，四大群岛的划分也已形成，并对南海海域及岛屿都进行了详细标注，收录在中国版图之中 。
不仅仅是南海，就连周围越南，菲律宾等国家也都是我国附属国，当时这些国家并没有管辖能力，因为是我国的附属国，自然也就不可能对南海有什么领土的要求，在漫长的岁月里，掌控这些岛屿都是我国历代的王朝 。到了1947年的时候，我国正式公布了南海海域诸岛的位置地图，并且划分出了11段线，当时国际社会以及周边国家都没有异议，原本在北部湾也有两段线，由于种种历史原因，白龙尾岛被越南所控制，在1953年，北部湾两段界线取消，自此十一段线便形成了如今的九段线 。
我国开始收复南海海域随着勘探技术的成熟，南海珍贵的石油资源也被周边国家发现，所以越南以及菲律宾等国也开始侵占我国岛礁，随着我国对南海的逐渐重视，如今不仅设立了三沙市统筹整个南海海域，还对部分岛礁进行了吹沙填海，其中建设最完备的就是永兴岛，该岛屿吹填后面积为3.08平方公里，岛上不仅建有一座规模巨大的机场，同时像学校、医院、超市等诸多设施也十分完备 。随着我国国力的加强，我国也与越南菲律宾等国开始角力，并开始陆续收回失去的岛屿，其中著名的就是“西沙海战”，自1956年开始，越南就开始侵占我国珊瑚岛，并将该岛划入他们国家版图之中 。
在1974年，越南又再次派出军舰，又企图占领我国甘泉岛和金银岛，当时我国海警强势出手，击沉越南一艘护卫舰，又陆续击退多艘驱逐舰后，成功的收复了这三座岛屿 。还有在1997年，菲律宾派遣舰队登上黄岩岛，还对我国设置的主权标志进行炸毁，随后就一直非法占据此岛，到了2012年，我国为了营救被菲方扣押的渔民，我国采取强力反制，最终夺回了实际控制权，相信在我国不断的努力下，收复整个南海也是指日可待，届时，南海也将再无争议 。

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