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紫草科属分类非常多该科中有传统中药紫草及有同样药效的软紫草、滇紫草 。该科与马鞭草科和唇形科有较近的亲缘关係，但花辐射对称，叶互生，显然比后两科原始 。该科包括4个亚科：破布木亚科、厚壳树亚科、紫草亚科和天芥菜亚科 。有人主张将破布木和厚壳树两亚科提出来，建立单独的厚壳树科 。本科与田基麻科、马鞭草科和唇形科有较密切的亲缘关係 。田基麻科的花冠筒内出现有封闭喉部的附属物，花也排列成镰状聚伞花序，在某些属中，子房每室含2胚珠，这些特徵与本科一致 。但在其它较原始的属中，子房室的胚珠数还保留着多数，这一点显示了它较本科为原始 。马鞭草科的子房不分裂，花柱顶生，与本科的原始类型极相似，但叶对生或轮生，花冠左右对称，显然较本科进化 。唇形科果实为分离的4个小坚果，这一点显示出与本科的紫草亚科有着密切的连繫，但其花冠变为左右对称，并且非常特化，达到了适应昆虫传粉的更高级阶段，比本科更为进化 。