直属医院宁夏医科大学总医院/临床医学院（三级甲等医院）宁夏医科大学总医院心脑血管病医院（三甲）宁夏医科大学总医院肿瘤医院（三甲）宁夏医科大学总医院西区医院、宁夏医科大学总医院胸科医院（均在筹建中）宁夏医科大学口腔医学院/总医院口腔医院（三甲）宁夏医科大学附属回医中医院（三甲民族医医院）（院址位于吴忠市）非直属附属医院宁夏医科大学第二附属医院（银川市第一人民医院）（三甲）宁夏医科大学附属石嘴山市第一人民医院（三乙）宁夏医科大学附属石嘴山市第二人民医院（三乙）宁夏医科大学附属银川市中医医院（三级中医医院）宁夏医科大学附属银川市口腔医院宁夏医科大学附属吴忠市人民医院教学医院及实习基地（部分）宁夏人民医院、上海市浦东新区公立医院、甘肃省人民医院、兰州军区总医院、中国人民解放军第五医院、山东大学齐鲁医院、陕西省中医医院、西安医学院附属医院等 。学术研究科研成果截至2013年，学校在脊柱结核、地方包虫病研究、生殖遗传、颅脑疾患等研究方面成绩显着 。2006-2013年，学校共承担各级各类科研项目2432项，其中国家级科研项目194项，并且在国家“863”、“973”、国家科技支撑计画和自治区重大项目等方面均有较大突破，并首次作为牵头单位承担国家科技部“十二五”科技支撑项目——《基层及少数民族地区高发疾病防治事宜技术研究及示範》的研究工作 。其中2011年-2013年，学校承担各级各类科研项目657项，其中国家科研项目109项（包括“十二五”国家科技支撑计画重点项目2项，“973”项目1项），科研经费达7223.2万元 。获省部级科技进步奖103项（其中自治区科技进步奖一等奖4项） 。近五年，学校各级各类科研项目立项总数达2300余项，科研项目总经费达到2.15亿元，较之“十一五”期间项目总数增长53.39 %，项目总经费增长近2.7倍 。高层次科研项目立项工作取得突破，获得国家科技支撑项目2项，973前期预研项目3项 。在自治区表彰的2013-2015年度科技进步奖中，共获奖33项，占全区的20.6%，其中一等奖4项，占比达40% 。学校附属医院规模不断扩大，医疗服务能力和水平不断提高 。其中，宁夏医科大学总医院是宁夏规模最大、技术力量雄厚、医疗设备先进、专家人才荟萃的综合性三级甲等医院，已发展成为集医疗、教学、科研、保健、考试培训职能于一体，是宁夏及周边省区区域性医学中心 。设施条件截至2013年，学校拥有科技部省部共建国家重点实验室培育基地1个，教育部省部共建重点实验室2个，自治区级重点实验室2个，自治区工程技术研究中心1个，自治区协同创新中心1个，生物晶片北京国家工程研究中心宁夏分中心 。与义大利费拉拉大学合作成立了中国（宁夏）——义大利癫痫研究中心 。宁夏医学科学院士工作站、宁夏六盘山药用资源与利用院士工作站、宁夏医科大学总医院博士后科研工作站 。自治区级重点实验室：生殖与遗传重点实验室、颅脑疾病重点实验室科技部省部共建国家重点实验室培育基地：宁夏颅脑疾病重点实验室教育部省部共建重点实验室：生育力保持教育部重点实验室、回族医药省部共建教育部重点实验室 自治区第三批科技创新团队：生殖与遗传基础及临床研究创新团队自治区协同创新中心：宁夏回医药协同创新中心学术资源学报
《宁夏医科大学学报》是由宁夏医科大学主办/主管的综合性医药学学术刊物，1979年创刊，自2010年6月由双月刊变更为月刊，主要报导本校和本区生物医学各专业以及相关学科的科研成果，并接受区外医学科研的来稿，以开展国内外学术交流，促进医药卫生事业的发展为办刊宗旨 。设有回医药学、论着、经验交流、临床护理、综述、病例报导等栏目，其中回医药学为本刊的特色栏目 。《宁夏医科大学学报》现为《中国科技核心期刊》，《中国学术期刊综合评价资料库》统计源期刊，《中文期刊全文资料库》全文收录期刊、《中文科技期刊资料库》收录期刊，《中文生物医学期刊文献资料库（CMCC）》收录期刊，《中文电子期刊服务（CEPS）资料库》收录期刊和中华首席医学网收录期刊，宁夏回族自治区卫生类核心期刊 。馆藏数字资源
《宁夏医科大学学报》是由宁夏医科大学主办/主管的综合性医药学学术刊物，1979年创刊，自2010年6月由双月刊变更为月刊，主要报导本校和本区生物医学各专业以及相关学科的科研成果，并接受区外医学科研的来稿，以开展国内外学术交流，促进医药卫生事业的发展为办刊宗旨 。设有回医药学、论着、经验交流、临床护理、综述、病例报导等栏目，其中回医药学为本刊的特色栏目 。《宁夏医科大学学报》现为《中国科技核心期刊》，《中国学术期刊综合评价资料库》统计源期刊，《中文期刊全文资料库》全文收录期刊、《中文科技期刊资料库》收录期刊，《中文生物医学期刊文献资料库（CMCC）》收录期刊，《中文电子期刊服务（CEPS）资料库》收录期刊和中华首席医学网收录期刊，宁夏回族自治区卫生类核心期刊 。馆藏数字资源