1860-1861年时，安徽、浙江和江苏等地已经出现了大面积染病和死亡的现象 。而此时曾国藩的湘军正在和太平军正在安庆鏖战 。战争和瘟疫从来是紧密相连的 。湘军虽然攻下了安庆，但得到的是一座空城，数万太平军全部被杀，城内城外死尸成堆，第二年夏天，随着高温，新一波瘟疫开始大面积蔓延，湘军中不少士兵染病，驻扎在安徽南部宁国的鲍超和张运兰等人部队，称“除已痊外，现病者六千六百七十人，其已死者数千，尚未查得确数” 。
踌躇满志的曾国荃正在谋取南京，闻之大惊失色，但还没来得及做好心理准备，自己的吉字营也出现了瘟病，他报告给曾国藩说“每营病故者八九十名，勇病日多，其无病者不过一二成队”，这使曾国藩“无日不在惊涛骇浪之中”，并且痛苦地叹道“七月之后大疫遍作，士卒十丧四五 。自是贼氛弥炽” 。
而对于太平军来说，瘟疫也是致命的 。自安庆失守，陈玉成败亡，天京门户洞开，湘军已经杀到了天京城下，而霍乱来到后，染病的太平军日益增多而大量减员，天京的城守更加薄弱，洪秀全只好从安徽搜集兵力回救，但安徽战局已经恶化，太平军散落各处，加之大都染上了瘟病，根本无法救援天京 。因此，洪秀全只好把苏浙的李秀成兄弟视为救命稻草，一天之内颁发几道金牌令要李秀成回救天京 。
李秀成开始是不愿意回救天京的，除了想保住根据地的念头，还因为他所在的苏浙地区也闹疫病，战乱之下，难民四处流窜，瘟疫也迅速扩散，上海就是因为难民的涌入而成了地狱，居民“死者日以千计” 。就连军队卫生做得相当好的英军，“死于霍乱者，亦达5%” 。苏州、常熟、太仓、嘉兴和杭州等地方也是疫病横行，所部太平军几乎都来自苏浙沪，感染者会传染未感染者，一旦战役关键时刻爆发，后果不堪设想，这些使得作为三军统帅的李秀成不得不慎重起来 。
然而，最后，他无法违抗洪秀全的强令，和李世贤带领数十万主力去救天京 。在天京的雨花台和曾国荃部湘军展开了一场殊死较量 。平时，我们更多的是从纯战争的角度去了解和分析这场血战惨烈程度，从而忽略了伴随这场血战的那场瘟疫 。
这场血战中，湘军只有两万余人，但其中有约一万人得了疫病，据王安定的《湘军记》记载：“金陵围师亦苦痢疾 。闰八月，疫尤未已，军士互传染，死者山积 。”曾国荃不得不亲自上前线而面颊中枪，而且在给曾国藩的书信中破天荒地出现了“务求、百叩、迅赐、切勿”等字眼，由此可见情况之危急 。而“国藩在安庆，忧之废寝食，飞檄令撤围”，“心已用烂，胆已惊碎” 。
李秀成和太平军也是一边克服瘟疫，一边舍命攻打，《天国之秋》说：“疫情最烈时，一天有多达三千人死于霍乱 。”
这场“极古今之恶战”持续了46天，最后，曾国荃带着湘军挺住了，他没有接受兄长曾国藩“飞檄令撤围”的命令，凭借顽强的意志克服了瘟疫，克服了困难 。李秀成和太平军也极为顽强，冒着瘟疫血战湘军46天，不能说不用命，只是功败垂成，甚为可惜 。
这两次瘟疫，都伴随着战争 。这对兄弟一块出现，那就更可怕 。
民国时期
民国时期，发生过的大大小小的疫病流行事件不计其数，所以关于民国时一期到底有多少人感染过传染病，以及到底有多少人死于这些传染病，在很多资料缺乏的情况下，是很难得到一个具体数字的 。而造成死亡万人以上的重大疫灾次数，能在一定程度上说明疫灾对人类的杀伤力 。根据张泰山的研究统计，民国年间，仅法定传染病和指定传染病造成死亡人数达万人以上的重大疫灾次数达59次之多，灾种涉及鼠疫、天花、霍乱、伤寒、痢疾、白喉、回归热、疟疾 。

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