280年，西晋灭吴，改建业为建邺 。后因避晋愍帝司马邺之讳，改名建康 。琅玡王司马睿南渡，以建康为根基 。317年，司马睿即位，是为晋元帝，东晋正式建立，定都建康 。
420年，刘裕代晋称帝，是为宋武帝，宋立国，都建康 。479年，萧道成代宋称帝，是为齐高帝，齐立国，都建康 。502年，萧衍代齐称帝，是为梁武帝，梁立国，都建康 。557年，陈霸先代梁称帝，是为陈武帝，陈立国，都建康 。
吴、东晋、宋、齐、梁、陈合称六朝，故南京被称为六朝古都 。今南京图书馆保留有六朝建康城遗址 。六朝建康城为当时世界上最大的城市，人口达百万 。经济发达，文化繁盛，在江南保存了华夏文化之正朔 。

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