马士英、阮大铖等人对清政权采取妥协议和的立场 。他们派使臣北上谈判，提出的议和条件是：第一，于天寿山立陵，改葬朱由检;第二，割山海关以外地区;第三，每年供给大清国钱币十万 。江南士人痛恨马、阮之流，视之为南宋时的秦桧 。
史可法督师淮扬，一面布置防务，一面试图经略中原，命高杰北征，收复河南失地 。清顺治二年(1645)初，睢州总兵许定国与清军勾结，杀死高杰 。史可法闻讯，赶至徐州，进行安抚，以高杰外甥李本身提督高部 。在回扬州途中，得知黄得功部有异动，他又忙派人加以宠络 。不久，弘光政权内部暴发太子案，驻守武昌的左良玉不愿与李自成正面交战，以"清君侧"为名，顺长江东下争夺南明政权 。弘光朝廷视其为寇，制定"寇至则防寇，寇去则防敌"的方针,急调江北四镇迎击左军，致使面对清军的江淮防线陷入空虚 。
清军夺取陕西以后，多铎一路开始东征，在河南归德分兵，一路向毫州，一路向徐州 。四月下旬，经由毫州一路的清军逼近扬州，史可法一昼夜赶回扬州，指挥守城 。史可法时在扬州虽有督师之名，却实无法调动四镇之兵 。扬州总兵李栖凤、监军李岐凤拔营降清，史可法更加孤立 。清兵以大炮轰开城池，他拔剑自刎，未死，为清兵俘获 。多铎劝降，史可法抱定"城存与存，城亡与亡"的信念，以身殉难 。清兵进入扬州城，进行了野蛮的屠杀 。清兵屠城十日，扬州成为一座空城 。史称"扬州十日" 。
清军渡长江，克镇江 。顺治二年(1645)五月十五日大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,清军占领南京 。当南明政权被清军灭掉之后，成为南明皇帝对于朱由崧来说就成为了一件祸事，因为擒贼先擒王，清军可以饶恕那些投降的将领，给与他们高官厚禄，但是唯一不能放过的就是南明王朝的形式上的最高统治者弘光帝朱由崧 。弘光帝朱由崧被迫出奔芜湖，被俘 。他被押进南京时，百姓夹路唾骂，投掷瓦砾，表现出对他的轻蔑和痛恨 。二十二日朱由崧被获，解北京处死 。弘光政权仅维持了一年，就覆灭了 。
首先从朱由崧个人的能力来看，朱由崧是一位昏庸无能之辈，朱由崧虽然是依仗着军队的支持登上了王位，但是其登上王位之后却并没有能够将军权抓在自己的手里，而是听任拥立自己的军队将领依仗着拥立新帝有功而飞扬跋扈，没有人可以节制的了，也就是说虽然朱由崧登上了皇帝的宝座，但是却并没有将权力抓在自己手中，而是醉生梦死，沉迷于酒色之中 。南宋的赵构虽然是也沉迷于享乐，但是赵构却是一个令出必行的皇帝，即使是岳飞朱仙镇大捷想要直捣黄龙的时候，赵构也能够让其撤军，从这里可以看出赵构是最高权力的拥有者，这一点朱由崧是远远不及赵构的，正是由于朱由崧的昏聩无能，没有及时的将权力抓在自己手中，才导致了其与赵构不能相比 。
再者，从南明王朝的臣子们来看，一开始的时候东林党包括史可法在内的很多人都不同意拥立朱由崧，虽然后来不得不接受了朱由崧登基为王的事实，但是无疑这种拥立谁为新君的分歧一直都是存在着的，正是这种分歧的存在，使得朱由崧的反对者最后将朱由崧献给了清军 。朱由崧为什么成不了赵构的第三个原因是其缺乏必要的贤臣能将，南明的内部各自拥兵自重，非常的不团结，而清军在多尔衮统一的指挥却拥有着强大的战斗力，双方的力量对比实在是差的不是一星半点，因此南明政权的覆亡也就在情理之中了 。
【弘光帝朱由崧：南京南明弘光政权的覆灭过程】