后来，田令孜与王重荣产生了利益纠纷，王重荣的利益遭到了损害，因此举兵谋反，皇帝大惊，急欲逃往凤翔，却被田令孜胁迫去了陈仓，因为素来憎恶田令孜，萧遘坚决不与其为伍前往陈仓 。朝堂群臣、各处节度使纷纷指责田令孜不该挑起事端，萧遘因此召来邠宁节度使朱玫，让他领兵前来 。
朱玫后来与萧遘政见不和，决议立襄王李煴为帝，萧遘对唐僖宗忠心耿耿，因此断然否定了朱玫的意见，并且因拒绝了朱玫起草登基诏书的要求而得罪了他，萧遘因此被罢官为太子太保 。后朱玫部下王行瑜倒戈，朱玫被杀，李煴被废，不久，唐僖宗重新回到朝堂，时任宰相的孔纬因为与萧遘不和，便向皇帝捏造了萧遘不忠不义的罪行，僖宗大怒，萧遘被赐死 。
【唐朝宰相萧遘的评价：为官一生刚正不阿】

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