1645年，清廷设立江南布政使司，扬州府属之 。
康熙六年（1667年），江南省正式分为江苏、安徽二布政使司，扬州府属江苏布政使司 。
咸丰三年（1853年）四月，太平军攻占扬州，曾改扬州府为扬州郡，改甘泉县为甘泉天县，历时8个多月 。清末，扬州府领高邮州、泰州和江都、甘泉、天长（滁州）、仪征、兴化、宝应、东台县，俗称“扬八属” 。

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